根据中国科技信息研究所2006年发布的最新科技论文统计的结果，我校发表国内科技论文7017篇，居全国高校第二位；国内论文被引用篇数为11444篇，居全国高校第五位；SCI收录论文数为936篇（注：学校排名按收录论文数，如包括文摘及摘要则收录总数为1006篇），居全国高校第十二位；EI收录论文数为2055篇，居全国高校第四位；ISTP收录论文数为673篇，居全国高校第五位；MEDLINE收录论文797篇，居全国高校第六位；1996-2005年SCI收录论文累积被引篇数2044篇，累积被引次数9229次，居全国高校第十五位；年度国内和国际论文总数为10681篇，居全国高校第四位。其中EI、ISTP、MEDLINE收录率在武汉地区都排名第一。

与2004年相比，2005年我校论文被EI收录数增长了1421篇，增长了2.24倍，名次提高四位。《华中科技大学学报（自然科学版）》自2004年底进入EI核心刊源,2005年被《EI》（Compendex）收录论文538篇，占学校论文总收录量的1/4,为我校整体收录水平的大幅提高做出了重要贡献。